奥特曼与怪兽的终极决战故事发生在陕西关中地区。随着深夜的一声爆炸，古墓被炸开，引来了蜂涌而至哄抢的村民，杨乖娃私藏一只编钟，他想借机倒卖出去，不料引来杀身之祸，其女杨秀为完成父亲遗愿，变成一个冷峻妖冶的盗墓贼。文侦队长秦安平负责文物的侦破工作，通过调查得知，文化局的宋若虚是本地最大文物走私盗墓团伙的头目，秦安平与其展开了正义与邪恶的较量，丧心病狂的宋若虚竟以秦安平儿子的生命相威胁。顶风作案的宋若虚终于进入藏宝密室，发现了价值连城的秦王尊......