魔法少女奈叶剧场版剧集取材自多部中国古典志怪文学名著，讲述了拥有月人之力的除妖师吴进游走人间，立誓除去所有妖邪的故事。他与长须国遗民水瑶、天罗镇首位女掌柜宋知茹、刚正不阿的书生李言相伴同行，合力破解妖邪作祟谜案。随着谜案陆续真相大白，吴进水瑶暗生情愫之际，过去的黑暗秘密浮出水面，人间危在旦夕，众人也将迎来最严酷的考验。